Die Feststellung des gewerblichen Gewinns der Gesellschaft und die Zurechnung der Gewinnanteile auf die Gesellschafter als Mitunternehmer nach § 15 Abs. 1 Nr. 2 EStG erfolgt im Verfahren der einheitlichen und gesonderten Gewinnfeststellung. Zunächst wird auf Ebene der Gesellschaft der Gewinn ermittelt. Sodann wird den Gesellschaftern ein entsprechender Anteil am Gewinn bzw. Verlust zugewiesen.

Die zugewiesenen negativen steuerlichen Ergebnisse kann der Gesellschafter in seiner Einkommensteuerveranlagung maximal bis zur Höhe seiner Einlage berücksichtigen. Über die Einlage hinausgehende Verluste sind mit zukünftigen Gewinnen aus der gleichen Beteiligung zu verrechnen (§ 15a EStG).

Soweit negative steuerliche Ergebnisse in der Einkommensteuerveranlagung berücksichtigt werden können, können diese im Entstehungsjahr seit dem 1. Januar 2004 wieder uneingeschränkt mit Gewinnen aus anderen Einkunftsarten verrechnet werden. Lediglich beim Verlustvortrag bestehen Beschränkungen. Ab dem Veranlagungszeitraum 2004 können vorgetragene Verluste nur noch bis zu einem Betrag von EUR 1 Mio. (zusammenveranlagte Ehegatten EUR 2 Mio.) verrechnet werden; der verbleibende Betrag an positiven Einkünften kann bis 60% um vorgetragene Verluste gemindert werden (§ 10d Abs. 2 EStG). Bislang konnten vorgetragene Verluste von positiven Einkünften derselben Einkunftsart unbeschränkt abgezogen werden.

Die Ausgleichsfähigkeit von Verlusten aus sogenannten Verlustzuweisungsgesellschaften wurde durch den zum 1. Januar 1999 in Kraft getretenen § 2b EStG dahingehend eingeschränkt, dass derartige Verluste nur noch mit Gewinnen aus der Beteiligung an Verlustzuweisungsgesellschaften verrechnet werden dürfen. Zum § 2b EStG hat das BMF am 5. Juli 2000 ein umfangreiches Anwendungsschreiben veröffentlicht, das durch das Schreiben vom 22. August 2001 ergänzt wurde. Nach dem Gesetzeswortlaut und dem Anwendungsschreiben fallen Gesellschaften in der Regel dann nicht unter diese gesetzliche Bestimmung, wenn die im Gesetz genannten Regelbeispiele nicht erfüllt sind. Dies ist eine unter Anwendung der internen Zinsfußmethode mehr als doppelte Rendite nach Steuern als vor Steuern oder die Inaussichtstellung von steuerlichen Verlusten und deren werbemäßige Hervorhebung. Darüber hinaus sieht das BMF-Schreiben eine Nichtaufgriffsgrenze für Gesellschaften mit weniger als 50 Prozent Verlusten in der Anfangsphase vor.

Grundsätzlich werden sämtliche Schiffsbeteiligungen z.B. von MPC so konzipiert, das sie nicht unter die Anwendung dieser Regelbeispiele fallen. Daher liegt keine Verlustzuweisungsgesellschaft im Sinne des § 2b EStG vor, so dass sich für die beitretenden Gesellschafter keine Einschränkungen bei der Verrechnung etwaiger Verluste ergeben.

Es kann gleichwohl nicht ausgeschlossen werden, dass zukünftig die Anwendbarkeit des § 2b EStG durch die Finanzverwaltung problematisiert wird.

Die steuerlichen Anfangsverluste resultieren im Wesentlichen aus der degressiven Abschreibung des Schiffes sowie aus den sofort abzugsfähigen Betriebsausgaben. Mit dem BMF-Schreiben vom 20. Oktober 2003, üblicherweise als 5. Bauherrenerlass bezeichnet, wird die Auffassung des Bundesfinanzministeriums deutlich, in welcher Weise entstehende Kosten als sofort abzugsfähige Betriebsausgaben behandelt werden können oder als Anschaffungskosten aktiviert und über die Fondslaufzeit abgeschrieben werden müssen. Nach derzeitiger Auffassung zählen zu den sofort abzugsfähigen Betriebsausgaben die Gründungs- und Beratungskosten sowie die Nebenkosten der Investition wie Zwischenfinanzierungs- und Bauzeitzinsen. Aktiviert werden müssen beispielsweise der Baupreis, die Kosten für die Erstausrüstung, die Kapitalbeschaffungskosten sowie die Kosten für die Bauaufsicht. Da der 5. Bauherrenerlass in Teilbereichen nicht eindeutig ist, wird die Finanzverwaltung voraussichtlich erneut Stellung nehmen. Besonderheiten gelten für reine Tonnagesteuerfonds. Da hier eine pauschalierte Gewinnermittlung auf Basis der Schiffsgröße erfolgt, entstehen hier keine Anfangsverluste.

Aufgrund eines neuen Erlasses der Finanzverwaltung gelten die günstigen erbschaftssteuerlichen Werte sowie die Vergünstigungen für Betriebsvermögen möglicherweise nur noch für den Anleger, der in das Handelsregister eingetragen ist.